Nesta versão de Sonic Unleashed Eggman consegue derrotar Sonic, usando o tremendo poder das Esmeraldas do Caos para prendê-lo.
A pura força do ataque também quebrou o planeta em pedaços, e libertou a misteriosa criatura negra chamada Dark Gaia de dentro das profundezas.
Eggman então deixa Sonic preso no planeta quebrado, junto com as Esmeraldas do Caos agora drenadas.
Agora cabe a Sonic recuperar e recarregar as Esmeraldas do Caos drenadas, salvar o planeta, recapturar Dark Gaia e derrotar Eggman para sempre.
O jogo apresenta níveis diurnos, que se concentram na velocidade de overdrive de Sonic, e níveis noturnos, que são mais focados em combate, conforme Sonic se transforma em uma besta Werehog de aparência assustadora, porém poderosa, como um efeito colateral do ataque Chaos Emerald que ele tinha sofria de.
As versões PS2 e Wii apresentam uma mistura quase completamente nova de níveis, bem como um motor de jogo diferente.