Metal Gear Solid 3: Snake Eater é a prequela de toda a série Metal Gear.

A maioria dos elementos de jogabilidade que definem a série foram transferidos. Como antes, Snake deve usar discrição e inteligência em vez de força bruta para se infiltrar em zonas inimigas e eliminar seus principais adversários.

Também estão presentes cenários de ação e batalhas contra chefes que exigem que o jogador descubra os pontos fracos do inimigo e empregue táticas únicas para derrotá-lo.

Vários recursos de jogabilidade notáveis ​​foram adicionados. Ao contrário dos jogos anteriores, grande parte da ação nesta edição ocorre em um grande ambiente ao ar livre, a selva (geograficamente imprecisa). Snake é capaz de usar camuflagem: subir em árvores, se esconder na grama alta ou usar roupas que o tornem menos perceptível. 

A cobra também pode ficar cansada e com fome; é necessário coletar rações ou até mesmo caçar animais selvagens para alimentação. 

Ele pode sofrer lesões (por exemplo, quebrar um braço), que devem ser tratadas de uma maneira específica, em oposição à barra de saúde única dos antecessores.

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